初中三年级女孩小凑伊纯（濑户麻沙美 配音）即将在毕业后搬到东京，只不过她对此始终无法全然接受。随着毕业的日子一天天临近，伊纯依旧故步自封。毕业式当天，伊纯独自漫步海边，在那里她捡到了晶莹剔透的海蓝色晶体碎片。借着碎片的力量，伊纯来到了一个从未见过的神奇世界，并且邂逅了日冈苍（井泽诗织 配音）、友

　　主人公游城十代在前往决斗学院的入学考试途中，与传说的决斗者武藤游戏相遇，并接受了武藤游戏的一张卡片。但是十代最终迟到并错过了考试。为此十代恳求克洛诺斯教授让他通过考试，并由此展开了决斗者之路。

故事发生在一座名为伊奥鲁夫的城市中，在这里出生的人们拥有无限的寿命，外表却会定格在15岁的模样，玛奇亚（石见舞菜香 配音）就是这样一个土生土长的伊奥鲁夫少女。一天，为了抢夺永生之血，梅萨蒂军乘坐着古代神兽对伊奥鲁夫发动了空袭，造成了惨重的损失，玛奇亚的好友蕾莉亚（茅野爱衣 配音）被掠走了，和蕾莉亚一

《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗（ジョン?ポール）」的美国人参与其中，约翰路过之处必定掀起腥风血雨，这让众人疯狂的 「屠杀器官」到底是什么？