圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子（坂本真绫 配音）和独立机动部队的同伴们救下了全身义体的少女津田艾玛（

　　现为公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音），按照课长荒卷大辅（塾一久 配音）的指示外出调查运输机被神秘并机的事件。结果途中遭到巴特（松田健一郎 配音）率领的武装分子的袭击。与此同时，遍布全国的交通管制系统也意外瘫痪。一切源于前七八联合部队的长官曾我和哉（泽木郁也 配音），他因制造难民虐杀事件遭

孤单伫立于京都寺町三条商店街的古董店“藏”。 　　女高中生真城葵偶然地与“藏”店主的儿子家头清贵相识，并开始在“藏”打工。 　　清贵虽然言行举止很温和，却具备令人恐惧的敏锐直觉，人称“福尔摩斯”。 　　葵和清贵一起，开始受理与客人所带来的古董有关的各种各样的委托。

　　故事发生在琦玉老师头发还没有掉光的时候，这一天身穿蓝色运动服的他在追捕偷东西的箭毒蛙怪人，谁知期间不慎刮坏了自己的裤子。万般无奈，在打败箭毒蛙之后，他带着破损的衣服求助于相识的和服店老板。老板见他反反复复穿着同一套运动服，所以热心地向他推荐极具视觉冲击力的和服礼服套装。琦玉绞尽脑汁，总算推脱掉了

2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫配音）召集巴特（松田健一郎配音）、陀古萨（新垣樽助配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的