上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。

史蒂夫·艾尔文(本人饰)是澳洲的一个具有传奇性的野生动物保护者，一直为了自己的事业而奋斗不懈，顽强的与偷猎者进行体力与脑力的斗争。而这一次，他又发现一些“偷猎者”正在围剿一只野生鳄鱼。正义感十足的他勇敢出发，殊不知这些偷猎者原来有惊人的来历。他们是美国政府派来的秘密侦探，此行目的是为了一个珍贵的电子