赛文离开约30年后的地球。被不知什么人所攻击而受伤的赛文，以坠落形式再次来到地球，故事开始。出席了地球环境保全委员会的古桥队长，遭遇到了超级太阳能设备的爆炸事故。因为原因不明的爆炸事故，奥特警备队开始展开调查。某夜，安奴的儿子在森林中目击到了谜之少女与怪兽。匹特星人展开了新的侵略计划。

北川市郊外的湖内突然出现了恐龙。于是奥特警备队将恐龙冷冻，请环境生态学的户根崎教授进行调查。在夜间恐龙突然消失。同时户根崎教授面前出现了一对神秘男女，自称是他们让恐龙复活的。他们发明了理想的未来城市「生态都市」。对地球环境恶化感到焦虑的户根崎教授为了实现理想而协力，不过这却是梅特龙星人的可怕陷阱。

专攻民族学的女大学生水野（松下奈緒 饰）因目睹恋人朝宫圭一（池内博之 饰）的出轨而倍感伤心，为了派遣压抑的心情，她约上好友火请爱子（鈴木亜美 饰）一同外出旅游。她们的目的地是位于某地深山老林中一个名为阿鹿里的小山村，这里引起古朴久远的民俗以及舒适的温泉而成...