故事舞台设定在有严格等级制度，学生分为学生会长，学生会成员和亲卫队选民，以及平民三个等级的岚之丘学园，神秘转校生清水小百合却破坏了规矩，她不服从学生会，我行我素，与学生会发生冲突。

在不久未来，日本社会沦为贫民窟。隶属于政府特务组织「极乐」的亚矢和她的伙伴小夏等人，试图击倒巨大的跨国企业黑田财阀。她们是「Lady Ninja」。然而，最强的敌人「夜叉」出现在亚矢一行人面前，谁能够生存下来？无数的强敌、随时可能丧命的事件、期待和背叛、友...